O composto reduzido e os seus metabolitos são excretados na urina. O mecanismo de excreção poderá ser, em parte, explicado por difusão passiva, embora haja evidências num estudo in vitro que ocorre excreção ativa do 2,4-DNP através de processos renais de transporte de ácidos orgânicos.  

 

Um estudo realizado em animais indica que os isómeros 2,3-, 2,5-, 3,4-, e 3,5- poderão ser eliminados do organismo muito mais rapidamente do que o 2,4- e 2,6-DNP.